Башкирский государственный природный заповедник располагается на территории, где переплетаются уникальные ландшафтные районы хребтов Уралтау и Южный Крака, различающиеся по своей природе. Долина реки Южный Узян, окруженная многочисленными реками, ручьями и ключами, является переходной зоной между ними. Леса, занимающие 80% площади заповедника, представлены сосновыми сообществами, играющими важную роль в сохранении биоразнообразия. Здесь процветает более 800 видов растений, из которых 37 внесены в Красную книгу РФ. Уникальный микроклимат местности характеризуется суровыми зимами, колебаниями температуры и влажности воздуха.

Башкирский государственный природный заповедник представляет собой уникальное место, где разнообразие растительного и животного мира поражает воображение. Рельеф территории, состоящий из невысоких хребтов и высоких гор, способствует формированию различных ландшафтов, покрытых густыми лесами. Сосны обыкновенные, березы повислые и лиственницы Сукачева украшают эти просторы, некоторые из них растут здесь уже более 500 лет. В заповеднике можно встретить несколько сотен видов мхов и лишайников, а также более 800 видов сосудистых растений, среди которых есть редкие экземпляры, включая несколько видов орхидей. Животный мир заповедника поражает своим разнообразием — здесь обитает 259 видов позвоночных животных. Среди обитателей можно встретить лосей, маралов, медведей, рысей, белок и бурундуков. Особенно великолепным является разнообразие птиц: от тетеревей до хищных птиц, занесенных в Красную книгу Международного союза охраны природы. Некоторые виды рыб, такие как форель ручьевая, гольян, хариус и другие, также обитают в водах заповедника. Флора и фауна заповедника представляют собой уникальное богатство, где 80% территории покрыто лесами сосен, берез и лиственниц. На этой территории произрастает 105 видов растений, которые являются редкими и нуждаются в особой охране. Среди них 11 видов занесены в Красную книгу России и 27 в Красную книгу Республики Башкортостан. Посещение заповедника станет незабываемым опытом благодаря различным экологическим маршрутам, а особенно в период цветения гвоздики иглоглистой и астры альпийской, когда склоны гор превращаются в настоящие цветочные ковры. Музей природы заповедника предлагает увлекательные экскурсии и возможность окунуться в мир удивительных природных явлений. Заповедник также является местом проведения народных праздников и мини-сабантуев. Важно помнить, что собирать грибы, ягоды или ловить рыбу на территории заповедника строго запрещено, чтобы сохранить уникальную природу этого места.

Заповедник, основанный в 1930 году, занимает площадь 49 674 гектара. В 1951 году был временно ликвидирован, но восстановлен лишь в 1958 году. До 1986 года он включал три участка: Урал-Тау, Южного Крака и Прибельского. В 2006 году студенты и преподаватели МГУ разработали карту природных территориальных комплексов заповедника.

Заповедник, расположен в центральной части Башкирского (Южного) Урала, в пределах Бурзянского района Башкортостана, ограничен природными границами: на севере — река Кага, на востоке — западные склоны хребта Уралтау, на юге — река Узян, на западе — восточные склоны южной части хребта Крака. Рельеф горный с гладкими вершинами и лесистыми склонами, переходящими в южные горные степи и разнообразные поляны. Климат атлантико-континентальный, характеризующийся суровыми зимами с температурами до −45 градусов и заморозками даже летом. Осадков выпадает более 500 мм в год, преимущественно летом и осенью. Ледоход происходит в апреле, а снег сохраняется лишь на северных склонах гор.

Башкирский заповедник предлагает уникальные экологические маршруты, разработанные сотрудниками заповедника. Для посещения этой особо охраняемой территории необходимо получить разрешение, которое можно оформить на въезде на территорию заповедника или в конторе Хамитовского участкового лесничества. Туристы также могут обратиться к турагентствам, предлагающим программы на несколько дней и помогающим с получением пропуска. Экологические маршруты разнообразны: от коротких до более продолжительных, не требующих специальной физической подготовки. Например, историко-геологическая тропа «Змеевик» проходит через заброшенные шахты, где можно увидеть редкие горные породы и остатки древних окаменелостей. Экотропы «Башхарт», «Арадый», «Кага» и «Урал-тау» знакомят посетителей с различными экосистемами заповедника, предлагая уникальные виды растительных сообществ и природных объектов. Для проживания здесь на несколько дней есть гостевые дома с площадками для полевой кухни с костром, а также экологические лагеря для детей.