На территории Республики Башкортостан расположено четыре особо охраняемых природных территории федерального значения:
| № | Наименование ООПТ федерального значения | Сайт | Расположение | Площадь |
| 1 | ФГБУ «Южно-Уральский государственный природный заповедник» | south-ural-reserve.ru | расположен на территории Белорецкого района Республики Башкортостан и Челябинской области | 252824 га |
| 2 | ФГБУ «Башкирский государственный природный заповедник» | bashzapoved.ru | расположен в центральной части Южного Урала, на территории Абзелиловского, Белорецкого, Бурзянского районов Республики Башкортостан | 49609 га |
| 3 | ФГБУ «Государственный природный биосферный заповедник «Шульган-Таш» | shulgan-tash.ru | расположен в западных предгорьях Южного Урала, на территории Бурзянского района Республики Башкортостан | 22531 га |
| 4 | ФГБУ «Национальный парк «Башкирия». | npbashkiria.ru | расположен на юго-западных отрогах древних Уральских гор, в междуречье рек Белая и Нугуш, на хребтах Ямантау, Кибиз, Утямыш, Баш-Алатау, на территории Бурзянского, Мелеузовского, Кугарчинского районов Республики Башкортостан | 82300 га |
Каждый из четырех охраняемых природных территорий имеет свою специфику, и создан для охраны тех или иных видов растений, диких животных, природной среды, и экосистем.
Туристические объекты Южно-Уральского государственного природного заповедника
Несколько хребтов — Машак, Зигальга, Нары, Кумардак и горный массив Ямантау образуют здесь самый высокий горный узел Южного Урала с наивысшей отметкой 1640 м над уровнем моря. В целях рекреационной деятельности, для приема посетителей на территории «Южно- Уральского государственного природного заповедника» оборудованы туристические маршруты и экологические тропы на хребет Малый Ямантау, гору Большой Шелом, на горы Дунан-Суйган и урочище «Домный Камень». Также для отдыха посетителей на территории заповедника оборудована туристическая стоянка «Рудные весы». Для любителей природы в целях экологического просвещения, и познавательного туризма на территории Центральной усадьбы в п. Реветь Белорецкого расположен Визит-центр заповедника, и Музей природы.
Туристические объекты Башкирского государственного природного заповедника
Хребты Урал-Тау, горный массив Южного Кракка образуют рельеф Башкирского заповедника. Гидрологическая сеть формируется на основе бассейна реки Белой, самые крупные реки Южный Узян, Кага являются притоками реки Белой. В целях рекреационной деятельности, для приема посетителей на территории «Башкирского государственного природного заповедника» оборудованы экологические тропы: историко-экологическая тропа «Башхырт», историко-геологическая тропа «Змеевик», экологическая тропа «Арадый». Также посетители могут ознакомится с деятельностью заповедника в Эко-центре «Башхырт», Музей природы, и демонстрационно-экспериментальной площадке с маралами.
Туристические объекты природного биосферного заповедника «Шульган-Таш»
Одной из важных достопримечательностей заповедника является пещера Шульган-Таш (Капова) одна из крупнейших многоэтажных карстовых пещер Южного Урала. Карстовая полость, выработанная в скальном массиве деятельностью речки Подземный Шульган. Пещера, в которой обнаружена наскальная живопись и культурный слой эпохи палеолита. Основное направление деятельности заповедника – сохранение и изучение природного комплекса широколиственных лесов Южного Урала, бурзянской бортевой пчелы и бортевого пчеловодства, а также уникального природного и культурного памятника – пещеры Шульган-Таш (Каповой) с наскальными рисунками и культурным слоем эпохи палеолита.
В целях рекреационной деятельности, для приема посетителей на территории «Государственного природного биосферного заповедника «Шульган-Таш»» проводятся экскурсии по экологическим маршрутам: «Земля заповедная», «В ожидании чуда», «На гору Тирментау», «Скалы над пасекой», «Сон на ульях (ульетерапия)» — маршруты проходят по музейно-экскурсионному комплексу заповедника. «По красавице Агидели», «Гора Масим», «Заповедная кругосветка», «Идем в Сказку» — маршруты проходят по сопредельной территории заповедника «Шульган-Таш», далее — по территории государственного природного зоологического (энтомологического) заказника регионального значения «Алтын Солок». Маршрут «по Юмагузинскому водохранилищу» проходит по сопредельной территории заповедника «Шульган-Таш» и по заповедной территории урочище Буйляу.
Туристические объекты Национального парка «Башкирия»
Территория парка входит в карстовую провинцию внешней зоны складчатого Урала, представляя в ней карстовую область линейно-вытянутых низких гор западного склона Урала. Карстовые явления особенно ярко выражены в центральной части парка – в урочище «Кутук» и по долинам рек Белой и Нугуш. В целях рекреационной деятельности, для приема посетителей на территории национального парка «Башкирия»» проводятся экскурсии по экологическим маршрутам и тропам: Водный туристический маршрут «Кашеля – Сергеевка», экологические тропы – «Таллы», «Кутук-Сумган», «Бейек-Тау», «Куперля», рекреационная зона для отдыха посетителей «Антонова скала» и 45 квартал.