Еще 300 миллионов лет назад территория, на которой сейчас находятся горы, была морским дном. Панцири и скелетные элементы морских организмов накапливались на рифах десятки миллионов лет. В кунгурский век, примерно 270 миллионов лет назад, Пермское море окончательно исчезло, а древние рифы накрыл слой из гипсов и солей.  Однако позже, около 20 миллионов лет назад, тектонические процессы вывели их на поверхность земли.

По окаменелостям, из которых состоят Шиханы, можно изучать историю появления и эволюции жизни на земле. Здесь встречаются губки, брахиоподы, водоросли, кораллы, мшанки, моллюски, иглокожие, цефалоподы и другие. Органический мир горы до конца не исследован даже сегодня. До сих пор изучаются, например, вымершие членистоногие, обитавшие здесь 543-250 млн лет назад. Недавно тут нашли окаменевшие деревья длиной четыре метра, произрастающие 290 млн лет назад.

Южнее, около города Ишимбая, аналогичные карбонатные массивы находятся на глубине 1 км; они вмещают Ишимбайское месторождение нефти.

Для башкир Торатау имеет особое значение и в духовном смысле. Сама гора и земля вокруг нее считаются священными: именно здесь в древности проводились обряды. Даже после принятия ислама башкиры сохранили культ горы. 

В этом культовом месте башкиры хоронили своих аулия (святых). Первое такое захоронение относится к II веку до нашей эры. По преданиям, на Торатау к местным жителям являлись аулия (Святые), и люди становились свидетелями необычных явлений (карамат). В древности считалась, что на вершине Торатау человек приближается к небесному божеству – Кук-Тарахэ, главному идолу тюркских народов.

Древние родовые башкирские племена юрматы на вершине холма проводили свои идолопоклоннические обряды. Земли вокруг горы нельзя было осквернять, тревожить, проводить на ней любые хозяйственные работы.

Еще ученый-этнограф Иван Лепехин, посетивший в 1769 году башкирский край, писал, что башкиры трепетно относятся к священной горе и не хотят, чтобы на нее ступала нога постороннего человека: «Никто из них на сию гору с нами идти не хотел, отговариваясь разными обетами, которыми они горе должны и которые еще не исполнены, ибо без исполнения обетов влазить на гору никто не может, разве кто хочет сам себе быть злодеем».

Торатау занимал важнейшее место не только в религиозных, но и в политических и исторических традициях башкир.
Гора была местом, где проводился ритуал провозглашения башкирских ханов.
Когда распалась Золотая Орда, в XV веке большая часть Башкортостана стала особой территорией со своим административным центром. Управление осуществлялось при помощи номинальных наместников Ногайской орды, а их резиденция находилась на Торатау.

Тортау, как и все шиханы, – уникальный резерват редких растений. На сравнительно небольшой территории гор встречается почти четверть флоры РБ.
Сейчас на шиханах растет около 40 таксонов, которые относятся к редким растениям Урала и Приуралья.
17 видов включены в Красную книгу РБ и имеют государственную охрану. Девять видов включены в Красную книгу России и охраняются на федеральном уровне.
На одном только Торатау растет 904 061 особь «краснокнижных» видов, на Юрактау – 310 802. Например, проживающий на Торатау альпийский усач – единственный представитель реликтового рода в Европе.
На Торатау и в его окрестностях введен особый режим охраны. Здесь категорически запрещены добыча известняка, выпас скота, посадка леса, сбор полезных растений, коллекционирование насекомых, строительство, добыча окаменелостей, геологоразведка, бурение, взрывные исследования, охота и проведение массовых мероприятий.

В 2023 году на Торатау состоялось открытие экотропы-лестницы высотой 412 метров, с целью сохранения уникальной флоры и фауны шихана. Тут установили смотровые площадки, беседки, скамейки и систему навигации.

Местные жители и туристы любят приезжать сюда в теплое время года, забираться на вершину и наслаждаться видом, открывающимся на  просторы Башкирии.

С вершины в ясную погоду можно увидеть и 2 других местных шихана — Юрактау и Куштау. Восхождение на вершину не требует специальной подготовки или снаряжения (по желанию можно захватить палки для треккинга), необходима только удобная одежда и обувь с хорошим протектором, чтобы не скользить на камнях. Подъём займёт 30–40 минут, справятся даже новички. 

Вход на вершину Торатау начинается у визит-центра одноимённого геопарка. Туристам предлагают туры, экскурсии и походы на несколько дней. Можно выбрать и другие развлечения: стрельбу из лука, полёт на параплане, конные прогулки или сапсёрфинг.

По одной из них шихан служил местом поклонения древних тюрков божеству по имени Кук Тарахэ, то есть небесному божеству. Для того, чтобы вознести молитву Кук Тарахэ, верующим нужно было подняться на самую вершину горы Торатау, что являлось особым ритуалом, связанным с приложением сил и преодолением себя. Возможно, на горе совершались религиозные обряды и ритуалы (до принятия башкирами ислама). Можно также предположить, что поклонялись божествам на Торатау представители рода Юрматы.

Согласно другой легенде, в недрах горы Торатау с давних времен живет красивая девушка по имени Диафет. Ее туда заточил див (башк. — «дейю»), то есть злой дух. Вход в пещеру день и ночь охранял змей. Змей, предчувствуя собственную смерть, засыпал пещеру камнями. Красавица до сих пор ждет своего спасителя. Тому, кто ее освободит, достанутся клады и сокровища, необыкновенная сила и неуязвимость. Возможно, когда-нибудь и отыщется герой, способный спасти девушку.

Еще одна легенда гласит, что на Торатау была крепость неизвестного ногайского хана. Ведь корень «Тора» в названии горы указывает на некое сооружение или строение.

И, наконец, существует еще одна легенда про красавицу Агидель и джигита Ашака, который убил возлюбленного Агидель в нечестном бою. Девушка сбежала от Ашака, и тот ее пытался настичь. Он едва не преуспел в погоне, но Агидель обернулась речкой и утекла, а Ашка с досады вырвал сердце и бросил оземь. Юрактау (Сердце-гора), Куштау (двугорбая гора), Шахтау (Ашактау) и Торатау — это ничто иное как осколки его каменного сердца.